Podstawą prawną powołania Komisji jest § 16 ust. 3 Statutu PZT.
Ramowe zasady działania Komisji określa uchwała nr 152 Zarządu PZT z dnia 30 listopada 2022 r. i uchwała Komisji z dnia 19 grudnia 2022 r. – Regulamin Działania Komisji (patrz: zakładka „Dokumenty”).

Regulamin został stworzony z jednej strony z troską o poszanowanie godności i intymności osób potencjalnie pokrzywdzonych, z drugiej zaś, zgodnie z orzecznictwem sądów powszechnych (np. wyrok Sądu Apelacyjnego w Krakowie z dnia 27 stycznia 2016 r., III APa 20/15), zapewnia domniemanym sprawcom prawo do obrony.

Komisja PZT nie jest komisją śledczą, jej zadaniem nie jest zastępowanie organów ścigania. Dlatego oprócz wspomnianych dwóch dokumentów działa na podstawie odpowiedniego stosowania przepisów procedury w sprawach cywilnych, a nie procedury karnej. Komisje tego rodzaju są powoływane w wielu instytucjach i zakładach pracy.
Komisja nie stosuje żadnych kar czy środków przymusu w razie niestawiennictwa albo odmowy składania zeznań lub odpowiedzi na poszczególne pytania